2017年，克孜勒苏柯尔克孜自治州公路总里程达到6575.7千米，克孜勒苏柯尔克孜自治州境内G3013高速公路、S309线、S212线连接乌恰县城及2个口岸，中吉乌铁路规划正在规划论证，中亚天然气管道D线工程建设已经启动。
境内有1个汽车客运总站，23条公共汽车运行线路。